「消費税の仕入税額控除、来月から数字が変わるらしいけど、結局何がどう変わるの？」——最近、こういう質問を続けてもらいます。答えを先に言うと、2026年10月1日から、免税事業者などとの取引にかかる仕入税額控除の割合が、80%から70%に下がります。
たった10ポイントの変化に見えますが、経理実務では思っている以上に影響が広がります。仕訳のルール、会計システムの設定、取引先への確認事項など、今のうちに手を打っておくべきことを、この記事で整理しておきます。
現行の経過措置（仕入税額控除割合）のおさらい
まず前提を確認します。2023年10月にインボイス制度が始まって以降、免税事業者など適格請求書発行事業者以外との取引については、原則として仕入税額控除を受けられなくなりました。ただし、事業者の急激な負担増加を避けるため、一定割合の控除を認める経過措置が設けられています。
現行（2026年9月30日まで）の控除割合は次のとおりです。
- 2023年10月1日〜2026年9月30日：80%控除
この経過措置は当初、2029年9月末をもって段階的に縮小・終了する予定でした（80%→50%→控除なしの3段階）。ところが令和8年度税制改正で適用期間が2年延長され、控除割合の下げ方もより緩やかな4段階に見直されています。
10月以降、具体的に何が変わるのか
令和8年度税制改正後の、控除割合とスケジュールの全体像は次のとおりです。
- 2023年10月1日〜2026年9月30日：80%控除
- 2026年10月1日〜2028年9月30日：70%控除
- 2028年10月1日〜2030年9月30日：50%控除
- 2030年10月1日〜2031年9月30日：30%控除
- 2031年10月1日〜：控除なし（経過措置終了）
つまり2026年10月からは、免税事業者などとの取引にかかる消費税相当額のうち、控除できるのは70%まで、ということになります。控除できない30%分は、これまで以上に会社の負担（費用や雑損失）として計上されることになります。
もう一点、見落とされがちな変更が、免税事業者からの仕入れに関する「上限額」の引き下げです。同一の免税事業者などからの年間課税仕入れの合計額（税込）が1億円を超える場合、その超えた部分には経過措置を適用できません。この上限は改正前の10億円から1億円へと大きく引き下げられており、2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。免税事業者からの仕入れが多い会社ほど、取引先ごとの年間仕入額の管理が必須になります。
あわせて、個人事業者向けの負担軽減策である「2割特例」も2026年分の申告をもって終了し、以降は新設の「3割特例」に切り替わる予定です（令和9年分・令和10年分の確定申告に適用）。自社や取引先がどちらの特例の対象になるのか、この機会に整理しておくと安心です。
経理担当者が今のうちに準備すべきこと（仕訳・システム設定・取引先への周知など）
10月をまたぐ実務対応として、優先度の高い順に整理します。
- 取引時期の判定基準を社内で共有する
国税庁は、控除割合の適用は「課税仕入れを行った時期」で判断すると明示しています。9月中に発注し10月に納品されるような、月をまたぐ取引が発生しやすい部署（購買・経理）には、早めに判定ルールを周知しておきましょう。 - 会計システムの控除割合設定を確認する
多くの会計ソフトでは、経過措置の控除割合が自動計算される設定になっています。10月1日をもって「80%→70%」に自動で切り替わるか、手動更新が必要かをベンダーに確認しておくと安心です。 - 帳簿・請求書への記載ルールを更新する
経過措置の適用を受ける取引には、帳簿に「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」の記載が必要です。10月以降は「80%控除対象」ではなく「70%控除対象」といった表記に変わるため、記載ルールやテンプレートの見直しが必要です。 - 免税事業者との取引先リストを棚卸しする
先述の「1億円上限」の対象になりそうな取引先がいないか、年間の取引金額ベースで確認しておきましょう。 - 取引先への周知
自社が免税事業者側である場合は、取引先（課税事業者）の控除割合が下がることを踏まえ、価格交渉や登録の相談が来る可能性があります。逆に自社が課税事業者側であれば、免税事業者の取引先に対して、今後の対応方針を早めに伝えておくとトラブルを防げます。
よくある間違い・見落としがちなポイント
最後に、実務でよく見かける誤解を挙げておきます。
- 「経過措置は今回で終わり」という誤解：終了時期はあくまで2031年9月30日です。今回の改正は「延長・緩和」であり、「打ち切り」ではありません。
- 「免税事業者との取引が全部対象外になる」という誤解：控除率が下がるだけで、要件を満たせば70%控除は引き続き受けられます。ゼロになるわけではありません。
- 「控除割合は請求書の発行日で判断する」という誤解：正しくは「課税仕入れを行った時期」で判断します。請求書の発行日と取引の実施時期がずれるケースでは、特に注意が必要です。
- 「2割特例と3割特例は同じもの」という誤解：対象者・適用期間が異なる別の制度です。自社がどちらの対象になるのか、必ず個別に確認してください。
制度の細部は今後、国税庁のQ&Aなどで随時アップデートされる可能性があります。最終的な処理については、顧問税理士や国税庁の一次情報でも必ず確認したうえで判断するようにしてください。
余談ですが、こうした細かい制度変更にキャッチアップし、実務に落とし込める経理は、生成AIが浸透していく時代でも評価されやすい人材です。「経理=売り手市場」神話は2026年に終わったのかでも触れた「AIに代替されない経理パーソンの条件」にも通じる話なので、あわせて読んでみてください。実務対応に追われる毎日の中で、今の職場でのキャリアに漠然とした不安がある方にとっても、ヒントになるはずです。