【9月中に必読】インボイス経過措置「2026年10月」大改正、経理が今すぐやるべき実務対応

「2026年10月からインボイス制度はどうなるの？」——このところ、この質問がいちばん多いです。先日、「控除率が具体的に何%に変わるのか」を手短にまとめた記事（2026年10月、インボイス経過措置変更で経理実務は何が変わる？）を書いたのですが、あの記事を読んだ方から次に来る質問は大体決まっています。「で、うちの会社は対象なの？」「9月中に何から手をつければいいの？」という、もう一歩踏み込んだ実務の話です。

結論からいうと、8割控除の経過措置は2026年9月30日で終了し、10月からは新しいルールに切り替わります。今日はその続編として、①自社が経過措置の対象かどうかのセルフチェック、②9月中にやるべき実務対応3ステップ、③会計システム・請求書フォーマットの見直しポイント、④この対応力をキャリアの武器に変える視点、⑤10月1日前の最終チェックリスト——ここまでを一気に整理しました。残り時間は少ないので、この記事を「9月中の行動リスト」としてそのまま使ってもらえたらと思います。

何が変わるのか【図解】

まず前提の確認です。インボイス制度の下では、免税事業者など適格請求書発行事業者以外との取引は、原則として仕入税額控除の対象外になります。ただし急激な負担増を避けるため、一定割合を控除できる経過措置が設けられており、この割合が2026年10月1日から変わります。

当初の法律では「2026年9月まで80%→2029年9月まで50%→控除なし」という2段階での縮小が予定されていました。ところが令和8年度税制改正（令和7年12月26日閣議決定・成立）により、小規模事業者への配慮からさらに緩やかな4段階に見直され、終了時期も2年延長されています。

つまり2026年10月からは、免税事業者などとの取引にかかる消費税相当額のうち、控除できるのは70%まで。控除できない30%分は、これまで以上に自社の負担（費用や雑損失）として計上されることになります。

もう一点、見落とされがちなのが上限額の引き下げです。同一の免税事業者などからの年間課税仕入れ合計額（税込）が1億円を超える場合、その超えた部分には70%・50%・30%の経過措置を適用できません。この上限は改正前の10億円から1億円へと大きく引き下げられており、2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。免税事業者からの仕入れが多い会社ほど、取引先ごとの年間仕入額の管理が必須になります。

あわせて、混同しやすい2つの制度についても整理しておきます。

• 2割特例（インボイス登録を機に課税事業者になった小規模事業者の負担軽減策）は、法人は2026年9月30日で終了、延長はありません。一方個人事業者は「3割特例」に切り替わったうえで令和10年（2028年）分まで2年延長されます。自社・取引先がどちらに該当するか、必ず個別に確認してください。
• 少額特例（税込1万円未満の課税仕入れは帳簿のみの保存で仕入税額控除ができる制度、基準期間の課税売上高1億円以下等が対象）は、今回の改正の対象外で2029年9月30日まで継続。「経過措置」と名前が似ているので混同しないよう注意しましょう。

自社は経過措置の対象か？セルフチェック

制度の全体像がわかったところで、次は「うちの会社は関係あるのか」を確認しましょう。以下の項目に一つでも当てはまれば、10月1日までに何かしらの対応が必要です。

• □　免税事業者（インボイス未登録）の取引先から請求書を受け取り、仕入税額控除をしている
• □　その取引先ごとの年間課税仕入れ（税込）が、1億円を超える可能性がある
• □　自社が「2割特例」を使っている法人である（→2026年9月30日で終了。原則課税や簡易課税への切り替え検討が必要）
• □　自社が「2割特例」を使っている個人事業者である（→令和9年・10年分は「3割特例」に自動移行）
• □　税込1万円未満の少額な課税仕入れが多い（→少額特例の対象で今回の改正の影響なし。ただし基準期間の課税売上高1億円以下等の要件は要確認）
• □　会計システムやクラウド請求書サービスで、控除割合を手動選択・入力する運用になっている

チェックが1つでもついた項目については、次の「9月中にやるべき実務対応3ステップ」で優先的に手を打っておきましょう。逆に言えば、免税事業者との取引がほぼない会社であれば、今回の改正による実務負担は限定的です。

9月中にやるべき実務対応3ステップ

10月をまたぐ実務対応として、優先度の高い順に3つだけ挙げます。全部を一度にやろうとせず、まずはステップ1から着手してください。

ステップ1：取引先の棚卸し
免税事業者など、経過措置の対象になっている取引先のリストを作り、年間の課税仕入れ額（税込）を集計します。1億円を超えそうな取引先がいないか、この段階で洗い出しておきましょう。取引先が多い会社ほど、ここに時間がかかるので最優先で着手するのがおすすめです。

ステップ2：会計システムの設定確認・更新依頼
多くの会計ソフトでは、経過措置の控除割合が自動計算される設定になっています。10月1日をもって「80%→70%」に自動で切り替わるのか、手動更新が必要なのかをベンダーに確認し、必要であれば設定変更を依頼します。次の章で詳しく解説します。

ステップ3：帳簿・仕訳ルールの社内周知
経過措置の適用を受ける取引には、帳簿に「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」の記載が必要です。10月以降は「80%控除対象」ではなく「70%控除対象」という表記に変わるため、摘要欄のテンプレートや仕訳ルールを更新し、経理・購買部門に周知します。特に、控除割合の適用は請求書の発行日ではなく「課税仕入れを行った時期」で判断される点は誤解が多いので、9月中に発注・10月に納品というような月をまたぐ取引が発生しやすい部署には、早めにルールを共有しておきましょう。

会計システム・請求書フォーマットの見直しポイント

実務対応の中でも特に見落としやすいのが、会計システムまわりです。担当者レベルで確認しておきたいポイントを整理しました。

• 控除率の選択肢：「100%／80％／50％」のままになっていないか。多くのクラウド会計ソフトは経過措置対応をアップデートで提供していますが、「70%」「30%」の選択肢が追加されているか、契約中のプランで最新バージョンが適用されているかを確認しましょう。
• 仕訳の摘要欄・税区分コード：10月1日を境に「70%控除対象」といった表記へ自動で切り替わるか、それとも手動でテンプレートを修正する必要があるか。
• 1億円上限の管理機能：取引先ごとの年間累計額を自動集計し、上限超過をアラートしてくれる機能があるか。ない場合は、Excel等での手動管理ルールを別途決めておく必要があります。
• 請求書・証憑フォーマット：経過措置適用の旨を記載する欄が、最新の控除割合に対応した表記になっているか。
• 少額特例・2割/3割特例との混同防止：税込1万円未満の取引や、2割・3割特例の対象取引が、誤って一般の経過措置ルールで処理されていないか。

会計システムのアップデート対応状況は、ベンダーのお知らせページで随時公開されることが多いので、9月中に一度、利用中のシステムの公式サイトを確認しておくと安心です。経費精算システムなど、会計システムと連携している周辺システムの更新も忘れずに。

この対応力を「転職市場での武器」に変える視点

ここまで読んで「面倒な作業が増えるだけ」と感じた方も多いと思います。ただ、視点を変えると、こうした制度変更にキャッチアップし、実務に落とし込める経理は、生成AIが浸透していく時代でもむしろ評価されやすい人材です。

実際、経理経験者向けのキャリア相談でよく聞かれる質問に「電帳法やインボイス制度の知識はどの程度必要ですか？」というものがあります。ここで評価されるのは「制度を知っている」ことではなく、実務でどう運用し、社内のワークフローをどう改善したかという「実体験」です。つまり、今回のようなインボイス経過措置の改正対応を、単なる作業として終わらせるのではなく、

• 取引先の棚卸しから会計システムの設定変更、社内周知までを主導した
• 1億円上限や2割/3割特例といった細かい変更点を整理し、部署内のルールに落とし込んだ

というかたちで自分の言葉で語れるようにしておくと、そのまま職務経歴書や面接で使える実績になります。転職市場で評価される経理人材の条件や、実務経験を年収アップにつなげる具体的な戦略については、【経理経験者の転職】「逆転キャリア」を掴むための全技術で詳しく整理しているので、あわせて読んでみてください。目の前の制度対応に追われる毎日の中でも、それを「経験」としてどう蓄積していくかで、数年後のキャリアの見え方は変わってきます。

10月1日前 最終チェックリスト

最後に、10月1日を迎える前に済ませておきたい項目をチェックリストにまとめました。印刷して社内で共有するなど、そのまま使ってもらえればと思います。

• □　免税事業者などとの取引先リストと、年間課税仕入れ額を確認した
• □　1億円超になりそうな取引先を特定し、対応方針を決めた
• □　会計システムの控除率設定（70%）を確認・更新依頼した
• □　帳簿の摘要欄・仕訳テンプレートを更新した
• □　経理・購買部門に「課税仕入れを行った時期」で判断する旨を周知した
• □　自社・取引先の2割特例／3割特例の対象を確認した
• □　少額特例との違いを整理し、混同がないか確認した
• □　顧問税理士に最終確認を依頼した

今回の改正は「経過措置の打ち切り」ではなく「延長・緩和」です。ただ、10月1日をまたぐタイミングでの実務対応を怠ると、控除ミスや取引先とのトラブルにつながりかねません。9月中にできることから今日着手して、落ち着いて10月を迎えましょう。制度の細部は今後、国税庁のQ&Aなどで随時アップデートされる可能性があります。最終的な処理については、顧問税理士や国税庁の一次情報でも必ず確認したうえで判断してください。